La sezione preistorica, curata dalla Prof.ssa Elettra Ingravallo, presenta le più antiche testimonianze della presenza umana nel territorio di Supersano.
Nel 1999 il Dipartimento di Beni Culturali dell’Università del Salento, in collaborazione con la Soprintendenza Archeologica della Puglia, ha condotto campagne di scavo in Località Scorpo che hanno portato alla luce un’importante industria litica di età epigravettiana, risalente a circa 10.000 anni fa: grattatoi, punte a dorso, bulini e lame in selce.
I pannelli didattici illustrano le tecniche di scheggiatura della selce, con riproduzioni di schegge, nuclei e oggetti per la percussione realizzati per l’archeologia sperimentale a cura di Alberto Guercia, che permettono ai visitatori — e in particolare alle scuole — di comprendere concretamente come venivano fabbricati gli strumenti preistorici.
Le vetrine espongono strumenti litici originali provenienti dagli scavi di Località Scorpo e dalla Località La Falconiera, censiti nell’inventario della Soprintendenza.